Im Jahr 1937, bevor der Zweite Weltkrieg die ernsten Seiten aufgezogen hat, hat sich die D Agentur gegründet. Dort werden Absolventen der Militärakademie zu spezialisierten Agenten ausgebildet, sodass sie perfekt Menschen manipulieren können. Die Agentur steht unter dem Kommando vom Oberstleutnant Yuuki, der zur Kaiserlichen Japanische Armee gehört. Er teilt dem Agenten Jirou Gamou eine qualvolle Mission zu: Er soll die geheimen Dokumente „Black Notes“ finden, damit man die Personen, die dahinter stecken, entlarven kann. Während dieser Mission muss er gegen viele Leute kämpfen, auch gegen seine eigenen …