Die Geschichte spielt zwei Generationen vor der Zerstörung von Supermans legendärem Heimatplanet. Im Zentrum steht sein Großvater Seyg-El, dessen House of El ausgestoßen wurde. Nun kämpft er darum, die Familienehre wiederherzustellen und seine geliebte Welt vor dem Chaos zu bewahren. Lyra Zod ist ein Mitglied der Familie, aus der später einer der ärgsten Widersacher Supermans hervorgeht, General Zod. Eine komplizierte Romanze zwischen den beiden, die an „Romeo und Julia“ erinnert, entwickelt sich. Denn Seg-El und Lyra ist es doch verboten, ein Paar zu sein. Außerdem wird das Thema Zeitreisen eine große Bedeutung in der ersten Staffel von "Krypton" haben. Shaun Sipos wird den der Welt überdrüssigen Adam Strange verkörpern. Der DC-Held reist aus dem modernen Detroit in die Vergangenheit nach Krypton, um Seg-El zu warnen und von seinem Enkel Kal-El, dem größten Helden der Erde, zu erzählen. Seg-El befindet sich in einer Zwickmühle: Versucht er seine Heimat zu retten oder akzeptiert er für seinen Enkel das Schicksal des Planeten?