Im Zentrum von „Absentia“ steht FBI-Agentin Emily Byrne, die während der Jagd nach einem der berüchtigtsten Serienkiller in der Geschichte Bostons spurlos verschwindet – und schließlich für tot erklärt wird. Sechs Jahre später wird sie in einer Waldhütte aufgefunden, halbtot und ohne Erinnerung daran, was in den letzten Jahren geschehen ist. Als sie wieder nach Hause zurückkehrt, muss sie feststellen, dass ihr Ehemann wieder geheiratet hat und ihr Sohn von seiner neuen Frau aufgezogen wird. Schließlich gerät sie ins Fadenkreuz der Ermittler als Tatverdächtige in einer neuen Mordserie.