In einem abgelegenen Kloster in den Alpen häufen sich im Jahr 1327 merkwürdige Todesfälle, die am Rand eines kirchenpolitischen Disputs stattfinden. Dabei muss der Papst-Kritiker und Franziskaner-Mönch William von Baskerville (John Turturro) sich gegen den Inquisitor Bernardo Gui (Rupert Everett) eben wegen seiner von den päpstlichen Lehren abweichenden Interpretation der Bibel verteidigen – auch für seinen Orden, wobei das Ganze auch kirchenpolitische Hintergründe im Streit zwischen dem Papst und dem deutschen Kaiser hat. Für William steht zu befürchten, dass an ihm ein Exempel statuiert werden könnte.