Wir schreiben das Jahr 200X. Jedes elektronische Gerät ist an das Internet angeschlossen. Es gibt niemanden der kein Personal Terminal (kurz PET) besitzt. In jedem dieser PETs befindet sich ein NetNavi, ein KI Programm mit der Fähigkeit gegen Computerviren zu kämpfen. Net Battles, in denen Operatoren ihre Net Navis gegeneinander antreten lassen, erfreuen sich größter Beliebtheit. Zusammen mit seinem NetNavi und gleichzeitig bestem Freund Rockman strebt Netto Hikari an der beste Net Battler zu werden und die üblen Pläne der World 3 zu durchkreuzen.