Nach den Ereignissen aus Beast Wars finden sich Optimus Primal, Cheetor, Black Arachnia und Rattrap ohne Gedächnis auf Cybertron wieder. Unfähig sich in Roboter zu transformieren werden sie von einer riesigen, unbekannten Armee aus Drohnen angegriffen und müssen sich in den Untergrund des Planeten zurückziehen. Dort finden sie das geheimnivolle Orakel, dass ihnen neue, technoorganische Körper gibt, mit denen sie die hirnlosen Angreifer besiegen kônnen... Nach einiger Zeit stellt sich dann heraus dass Megatron, der Erzschurke aus Beast Wars, für all das Chaos verantwortlich ist und einen völlig aberwitzigen Plan verfolgt, für den er alle Sparks (die Seelen der Transformers) benötigt. Vor allem will er aber Cybertron von seinen organischen Elementen befreien, welche die "maschinelle Reinheit" Cybertrons verunreinigt. Optimus Primal und das Orakel aber wollen ein natürliches Gleichgewicht zwischen Technologie und Biologie herstellen, und so entbrennt zwischen Megatrons Drohnenarmee und Primals Rebellentrupp ein erbitterter Krieg um die Zukunft des Planeten. In späteren Episoden erinnern sich die Helden dann nach und nach an ihre Ankunft auf Cybertron und finden auch ihre verlorenen Freunde wieder, die sich seit damals sehr verändert haben...