Anfang des 21. Jahrhunderts gestaltet sich der Bürgerkrieg eines kleinen asiatischen Landes trotz der Entsendung von UN-Truppen als äußerst schwierig. Doch ein zufällig entstandenes Foto vom Schlachtfeld bringt die Friedensverhandlungen in Gang. Es ist das Bild einer von verzweifelten Zivilisten provisorisch gehissten UN-Flagge. Trotz Feindschaft kooperieren die Parteien, um die Flagge an einer heiligen Stätte zu hissen und damit ein Symbol des Friedens zu schaffen. Doch kurz vor Abschluss der Verhandlungen wird die Flagge von bewaffneten Extremisten gestohlen, um die Waffenruhe zu beenden. Die UN entschließt sich zur Entsendung des SDC (Special Development Command), um die symbolträchtige Flagge zurückzuerobern. Mit dabei ist Fotografin Shirasu Saeko, die das Bild der Flagge schoss, um die Aktionen zu dokumentieren. Ihre erste Mission gestaltet sich dank neuster Kampfanzüge, sogenannter HAVWC (High Agility Versatile Weapon Carrier) einfach, doch Überraschungsangriffe bereiten dem Team schon bald große Probleme. FLAG ist ein dokumentarisch aufgebauter Anime mit origineller Präsentation: Nahezu die gesamte Handlung wird durch Kameralinsen der Beteiligten gezeigt, die das Geschehen verfolgen.