Okajima Rokuro ist ein Angestellter einer großen Firma in Tokio. Als sein Schiff auf einer Geschäftsreise in Südost-Asien von einer Gruppe Piraten überfallen wird, wird er als Geisel verschleppt. Die Lagoon Company besteht aus ihrem Anführer Dutch, der schießwütigen Revy und dem Techniker Benny. Die drei haben es nur auf die CD mit Plänen für Atomwaffen abgesehen, die Rokuro dabei hat und wollen mit seiner Entführung noch etwas Lösegeld rausschlagen. Die Firma interessiert sich aber nicht für das Schicksal von Rokuro, der sich inzwischen mit seinen Entführern angefreundet hat, und entsendet eine handvoll Söldner um Rokuro und die Piraten auszulöschen. Durch eine rettende Idee von Rokuro werden die Söldner getötet und die Piraten, beeindruckt von seiner Leistung, nehmen ihn in die Crew der "Black Lagoon" auf. Fortan nennt er sich Rock und erfüllt für die Lagoon Company Aufträge für die Mafia und verschiedene Verbrechersyndikate.