Wir schreiben das Jahr 0083 des Universal Century. Drei Jahre sind seit der Unterzeichnung des Friedensvertrags zwischen der Erdallianz und Zeon vergangen. Dennoch leben beide Nationen in einem angespannten Verhältnis. Nach dem Tod des Diktators Gihren Zabi bilden die Überlebenden der Zeon-Armee eine Gruppe namens Delaz-Flotte. Unter dem Kommando des ehemaligen Zeon-Obersten Aiguille Delaz ist es das Ziel der Flotte, Zeon wieder aufzubauen. Ihr Ass-Pilot Leutnant Anavel Gato stiehlt von einer Militärbasis der Erdallianz einen von zwei, mit Nuklearwaffe ausgerüsteten, Gundam Mobile Suit-Prototypen, den GP02A "Physalis". Der Testpilot Kou Uraki versucht im Prototyp GP01 "Zephyrantes" Gato zu stoppen und den gestohlenen Gundam zu bergen, bevor ein neuer Krieg beginnt. Dabei wird er von der Anaheim Electronis-Ingenieurin Nina Purpleton unterstützt, welche für die beiden Prototypen verantwortlich ist, sowie der Besatzung der MSC-07 Albion.