El Dr. Saotome regresa de la muerte después de haber sido supuestamente asesinado por el piloto del Getter Robo, Ryoma Nagare, y amenaza al mundo con una última creación, el Shin Dragon. Ahora a Ryoma, aunque no le guste la idea, le tocará formar nuevamente equipo con sus antiguos compañeros, Jin Hayato y Tomoe Mushashi, para luchar contra el Dr. Saotome, pero el doctor no será el único de sus problemas, porque desde las sombras acechan los misteriosos Invasores, extraterrestres que tienen la habilidad de poseer humanos y deformar su carne para crear horribles criaturas.