Taiki Kudo es un chico alegre con ganas de ayudar a los necesitados, a pesar de que tiende a excederse a sí mismo. Un día, oye la voz de un Digimon llamado Shoutmon que está al borde de la muerte. Queriendo ayudar, a Taiki se le da un Digivice conocido como un Xros Loader, y él y sus amigos Akari Hinomoto y Tsurugi Zenjiro son transportados al mundo digital donde se encuentran a Shoutmon y sus aliados, Ballistamon, Starmon y los Pickmons. Al utilizar el poder del Xros Loader, Taiki puede realizar el DigiXros, que puede fusionar cualquiera de sus aliados en formas diferentes. Taiki y sus amigos utilizaran esta capacidad para luchar contra las fuerzas del Imperio Bagura y los equipos Blue Flare y Twilight.