La historia de Jesús Juárez, un joven de Sinaloa, México, que crece hasta convertirse en una figura legendaria, casi un ícono religioso venerado por muchos. Ambientada en 1870 e inspirada en hechos de la vida real, Malverde cuenta la historia de Jesús desde su convulsionada infancia como huérfano hasta el advenimiento de la Revolución Mexicana, donde experimentó los suplicios de la guerra, el peligro y el amor mientras iba acumulando un poder inesperado. Con el tiempo, Jesús se convierte en una figura heroica. Sin embargo, sigue atormentado por sus sentimientos inesperados hacia su novia de la infancia, Isabel.