La historia se centra en Keiichi Morisato, en un inicio estudiante universitario, aficionado a las motocicletas. Un día, Keiichi llama accidentalmente a una "línea de ayuda técnica de las diosas" y la hermosa diosa Belldandy aparece detrás de él, ofreciéndole un deseo. Asumiendo que es una broma, Keiichi desea que Belldandy (que encuentra muy atractiva) permanezca con él para siempre, y su deseo es inmediatamente concedido. Esto se complica cuando las hermanas de Belldandy, Urd y Skuld, se mudan con ellos, trayéndoles muchísimos más problemas. Las tres diosas están basadas en las nornas de la mitología nórdica Urd, Verdandi/Verthandi y Skuld, que representan el pasado, el presente y el futuro. Dichas nornas, viven en uno de los pozos que alimentan al Yggdrasil, y lo protegen. Las diosas del manga acceden a un sistema informático con el mismo nombre como analogía del árbol Yggdrasil que sostiene a todos los mundos, un fresno.