La Tierra, año 2977. La decadente raza humana ha avanzado tecnológicamente, pero se ha vuelto apática, cobarde y acomodada, y está liderada por un gobierno corrupto y un presidente vago que solo piensa en jugar al golf. En este contexto, las Mazon, una raza alienígena de mujeres-vegetal se dispone a invadir la tierra, y el único con la información y las agallas necesarias para hacerles frente es el Capitán Harlock, un personaje de aspecto de pirata (vestimentas, parche en el ojo, cicatriz en la cara, viste el símbolo pirata de la calavera con dos huesos cruzados) que viaja en una gigantesca nave espacial con forma parcial de galeón junto con su tripulación, un grupo de humanos que todavía conserva el espíritu y el ímpetu y las ganas de explorar nuevas fronteras. Pero Harlock es persona non-grata para el gobierno terrestre (se abastece atracando naves de la tierra), que lo trata como un vulgar pirata y no parece muy interesado en saber nada de una posible invasión alienígena.