Año 2306... Han pasado 12 años desde que el Capitán Kirk fue arrastrado al Nexus, y 11 desde que el Capitán Scott desapareció. El Capitán Spock y el Doctor McCoy tratan de establecer la paz entre la Federación y el Imperio Klingon. El Capitán Sulu, en el Excelsior, está en una misión, más allá de los límites exteriores del Cuadrante Alfa. El Capitán Chekov es un alto cargo a la Seguridad de la Flota Estelar, pero cree que se ha estancado, y está pensando en jubilarse. La Capitán Uhura es Directora de Lingüística de la Flota Estelar, pero que cree que le falta algo en su vida. Ahora, Chekov y Uhura, junto con John Harriman, antiguo Capitán del Enterprise-B, se reúnen para la inauguración de una nave muy especial. Durante su reencuentro reciben una llamada de socorro de un planeta, donde ocurre algo que hace que los tres amigos se embarquen en una misión que cambiará sus vidas por siempre jamás... La aventura apenas empieza...