Rokujou Miharu es un estudiante de instituto que vive en su propio mundo. Sin embargo, dentro de él, estaba al acecho el último poder de Nabari,la "Omnipotencia". Para poseer tal arma suprema, el clan Iga juró llevar a Miharu a su pueblo. Por otro lado, el profesor de inglés de Miharu, Kumohira sensei, y el compañero de clase, Kouichi, pertenecen a los Banten ninjas cuya misión es proteger a Miharu. Una guerra sobre la propiedad de la "Omnipotencia" ha comenzado. Para sobrevivir, Miharu debe entrar en el mundo oculto de Nabari, y convertirse en rey.