La série relate les différentes histoires et mésaventures des Shadoks, des êtres anthropomorphes à l'apparence d'oiseaux rondouillards (à ce jour, toujours non identifiés), possédant de longues pattes et de petites ailes ridicules. Les Shadoks ont pour antagonistes les Gibis, personnages intellectuellement supérieurs, qui par pitié, aident les Shadoks qui ne représentent pour eux aucune menace réelle. Les Gibis sont coiffés d'un chapeau melon qui leur permet de réfléchir aux problèmes en horde, de communiquer et de se moquer des inventions des Shadoks. Les Shadoks possèdent pour tout vocabulaire quatre mots monosyllabiques : « Ga, Bu, Zo, Meu ». Ces mots servent aussi de chiffres pour compter (base 4). Les Shadoks sont extrêmement méchants et idiots. Ils construisent des machines improbables qui ne fonctionnent pas, le plus souvent sous l'impulsion du Professeur Shadoko. La liste de ses inventions est longue. La plus emblématique d'entre elles reste la Cosmopompe destinée à pomper le cosmogol 999, allusion à la propulsion à propergol solide des Gibis (série BU), les Shadoks ayant pour but de construire une fusée (la série ayant été écrite pendant la conquête spatiale), projet auquel ils consacrent de nombreux essais marqués par autant d'échecs. D'autres machines suivront comme la machine à pilules, qui manquera de leur coûter la vie dans la série ZO.