Rin et Yukio, son frère jumeau, ont été élevés par un éminent prêtre exorciste, le père Shirô Fujimoto. Mais un jour Rin découvre que son véritable géniteur n'est autre que Satan ! Alors que la frontière entre « Assiah », le monde des humains, et la « Géhenna », le monde des démons, est envahie par des êtres maléfiques, Rin jure de devenir le meilleur exorciste afin de vaincre son père, Satan. Pour accomplir son but, il entre à l'Académie de La Croix-Vraie afin de maîtriser les techniques d'exorcisme...