L’histoire se déroule dans un Japon alternatif dans lequel 7 redoutables leaders s’affrontent ; Parmi eux, le dangereux Suoh Mikoto alias Red King dirige le gang HOMRA. L’impassible Munakata Reisi alias Blue King est à la tête des SCEPTER4. Nous suivons un jeune lycéen du nom de Isana Yashiro qui se retrouve impliqué dans ces batailles.