L'histoire tourne autour de Haruka Nanase, un garçon qui a toujours aimé être dans l'eau et nager. Passionnés par la natation Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki et Rin Matsuoka font également parti du club de leur école. Juste avant d'être diplômés, ils participent et gagnent un tournoi. Puis, séparés par leurs études, ils partent chacun de leur côté. Le temps a passé. Durant des études secondaires sans histoire, Haruka, Makoto et Nagisa finissent par se retrouver au lycée Iwatobi . Lors d’un tournoi de natation inter-lycée, Rin refait son apparition en tant que nageur du lycée Sametsuka. Rin défie Haruka et lui montre son écrasante supériorité. Ne voulant pas s'en tenir là, Haruka décide du coup de reconstituer une équipe avec ses amis de longue date Makoto et Nagisa, pour tenter de surpasser la force écrasante de l’équipe de leur adversaire et ancien camarade. Ils font alors la rencontre de Rei Ryugazaki, un nouvel élève plein d’espoir, qui vient tout juste de rejoindre leur club de natation.