L’histoire nous entraîne au côté d’un groupe de jeunes se faisant appeler le Mekakushi Dan dont chaque membre possède un étrange pouvoir. Un incident, survenu le 14 & 15 Août, a réuni ces jeunes. Arriveront-il a percer le mystère pour découvrir la vérité ? Nous suivons le quotidien de Shintaro Kisaragi, un jeune homme reclus chez lui depuis le suicide de son amie. Sans contact social, il parle surtout à Ene, un programme informatique sous forme de jeune fille installé sur son ordinateur depuis qu’il a ouvert un mystérieux mail. Mais cette dernière va amener Shintaro à s’ouvrir au monde.