Les Hundred sont les seules armes capables de repousser les Savages, des extra-terrestres qui ont envahi la Terre. L'histoire tourne autour de Harato Kisaragi qui intègre Little Garden, une école de formation au combat avec les Hundred. Son arrivée ne se fait pas sans mésaventures puisqu'il est provoqué en duel par Claire Harvey, la reine de l'école et aussi la plus puissante ! Pour couronner le tout, son camarade de chambre est une femme, Emil Crossford, et cette dernière lui rappelle d'étranges souvenirs...