Dans l'univers de Witchy Pretty Cure!, il existe deux mondes : celui des humains et celui des sorcières (ou plus généralement de la magie). Mirai Asahina est une humaine de 13 ans sur le point de passer en deuxième année de collège, lorsqu'elle rencontre Riko, une apprenti-sorcière. Cette dernière lui explique qu'elle est à la recherche de quelque chose et, en discutant, les deux jeunes filles découvrent qu'elles possèdent des médaillons similaires.