Après l'Afrique et l'Océanie, c'est en Amérique du Sud que se rendent les passionnés du zoo de La Flèche. Pendant un mois, ils découvrent les nombreux paysages de l'Equateur et rencontrent les hommes et les femmes qui tentent de préserver la faune locale. Charlotte, Aurore et les autres vont ainsi se rendre dans l'archipel des Galapagos, dans la cordillère des Andes ou dans la forêt amazonienne.