À l’approche de l’année 3000, un système solaire déchiré par la guerre est envahi par l’Alliance impériale à la recherche d’un être suprême, le F-01. Le vaisseau spatial expérimental Bomber X avec son jeune équipage doit découvrir le secret du F-01 et le tourner contre l’Alliance impériale, sinon tout sera perdu.