21 ans après les évènements de l'animé éponyme, l'AEGIS Network, seul rempart se dressant face aux envahisseurs, n'est plus. Cependant, une poignée de résistants continuent leur combat face à cette menace. Ayane fait partie de ces résistants possédant des pouvoirs surnaturels conférés par une force appelée "Gate". Menant une double-vie, simple lycéenne le jour et pourfendeuse d'Invaders la nuit, Ayane est investie d'une mission supplémentaire: retrouver la dernière des Gate Keepers, Miu...