La trama di Kamisama Dolls è incentrata su Kyohei, uno studente universitario cresciuto in un villaggio in cui misteriose figure, chiamate kakashi, sono venerate come dei. Ammesso all’università, Kyohei abbandona il villaggio natale, concentrandosi interamente sullo studio, tuttavia il passato torna a bussare alla sua porta quando la sua sorella minore Utao lo raggiunge a Tokyo con il suo kakashi chiamato Kukuri. La ragazza racconta a Kyohei che anche un'altra persona del villaggio è arrivata nella grande metropoli accompagnata dal suo kakashi, Aki, un fuggitivo responsabile di un orribile crimine di cui Kyohei è stato testimone. Travolto dagli eventi il ragazzo comprenderà infine di non poter più fuggire a quel passato che ha tentato di seppellire e dimenticare lasciando il villaggio natio.