All'inizio del 21° secolo, una guerra interplanetaria ha sconvolto l'equilibrio dell'universo. L'ecosistema terrestre è stato irreversibilmente danneggiato, e per poter sopravvivere i sopravvissuti umani sono stati costretti ad abbandonare il pianeta. Nella nuova società instaurata però viene bandita ogni cosa che possa creare disturbo alla Terra, e quindi è proibita anche ogni forma d'arte, compresa la musica. Quarantotto anni dopo l'inizio di questo nuovo periodo per l'uomo, ricompare dal passato un leggendario gruppo di idol, le AKB0048. Etichettate come terroriste, il gruppo di giovani cantanti devono ricominciare a cantare e riportare la musica sulla Terra per amore dei propri fan. Le quattro protagoniste, da bambine, si erano ripromesse che sarebbero diventate membri delle AKB0048.