La storia è ambientata in Giappone agli inizi dell'estate del 2015. Oltre 180.000 persone vivono all'interno di Tachikawa City, la "seconda metropoli" della zona di Tokyo. È questa la città in cui vivono e agiscono i "Gatchaman": mescolandosi alla cittadinanza nascosti dalle loro identità civili, moderni guerrieri Ninja sono stati scelti fra individui dotati di particolari capacità latenti ed addestrati dal Consiglio per proteggere la Terra dai criminali alieni. Combattono utilizzando speciali tute da combattimento (le Power Suits), che permettono di utilizzare e di incrementare il "NOTE", la manifestazione di poteri spirituali speciali, presenti allo stato latente negli esseri viventi. Negli ultimi anni, il Consiglio ha ordinato ai guerrieri Gatchaman di lottare contro una misteriosa entità conosciuta come "MESS".