I detective del Dipartimento della Polizia di Gotham City, guidati dal capitano Sarah Essen, il giovane James Gordon e il suo nuovo partner Harvey Bullock, vengono ingaggiati per risolvere uno degli omicidi più sconvolgenti e di alto profilo a cui Gotham abbia mai assistito: l'assassinio di Thomas e Martha Wayne. Durante la sua indagine, Gordon incontrerà il figlio dei Wayne, Bruce, ora sotto la tutela del maggiordomo Alfred Pennyworth, che darà informazioni utili a Gordon per trovare il killer. Lungo il suo cammino da detective, Gordon dovrà confrontarsi con diversi boss della mafia e delle gang (uno dei quali è Fish Mooney), e con quelli che saranno i futuri villains dell'universo di Batman, tra i quali Selina Kyle (la futura Catwoman), Oswald Cobblepot (colui che diventerà il Pinguino) e coloro che diverranno l'Enigmista e Poison Ivy.