Un giorno, la Terra viene attaccata da alieni grigi. Quando la Forza di Auto Difesa giapponese si trova priva di speranza nel contrastarli, tutti vengono salvati da un "essere leggendario" dal volto umano di cui nessuno conosceva l'esistenza. La nazione scopre tramite questo incidente di aver convissuto con questa specie sulla Terra. Decidono di chiamarli "Marginal Men" e decidono di metterli sotto osservazione. Pochi anni dopo, il mondo è nel caos per un'impennata dell'immigrazione e degli atti terroristici indicibili. Viene fondata un'organizzazione chiamata "Marginal Service" per osservare i crimini perpetrati dai Marginal Men per nasconderne l'esistenza il più possibile. Ambientata a Shibujuku in Giappone, è la storia di un gruppo d'elite che affronta i Marginal Men giorno e notte, in una missione che ha lo scopo di proteggere la Terra.