Vent'anni prima che gli eventi narrati in questa storia abbiano inizio, un asteroide diretto verso la terrà colpì Plutone disintegrandolo. A causa di questo evento l'asteroide, rinominato Thanatos, divenne temporaneamente stagnante ed assunse l'orbita che precedentemente era di Plutone. Per evitare che la terrà venga annientata è stato creato l'International Solarsystem Development Agency (ISDA) che lavora al "D-Project" e segretamente crea armi chiamate "Dragons" grazie al ritrovamento di un uovo di drago nelle profondità oceaniche. Presto però l'ISDA scopre che a minacciare la terrà non c'è solo Thanatos ma anche potentissimi draghi alieni. Dopo aver assistito a quello che all'apparenza era un omicidio, Jin Kamishina, un solitario ragazzo che perse tutta la propria famiglia in un incidente su uno shuttle avvenuto 2 anni prima e di cui è l'unico sopravvissuto, viene coinvolto nei piani dell'ISDA e nei loro combattimenti. Ad aiutarlo giunge però Toa, una misteriosa ragazza dotata di capacità sovraumane che lo salva durante l'attacco di una mostruosa creatura. Durante il loro viaggio alla scoperta dei segreti dei draghi incontrano numerosi alleati e nemici ed il loro rapporto diventa sempre più profondo.