Tales of the Abyss si svolge su Auldrant, un pianeta composto di particelle elementari chiamate Fonon. Per la maggior parte della storia di Auldrant, si è conosciuta l'esistenza di solo sei fonon, che rappresentavano gli elementi dell'ombra, della terra, del vento, dell'acqua, del fuoco e della luce; successivamente si scoprirà un settimo fonon, quello del suono. La sua scoperta getta il pianeta nel caos: utilizzando questo nuovo settimo Fonon è possibile per alcuni soggetti leggere il futuro. Uno di questi soggetti, Yulia Jue, un'importante figura religiosa, pone in essere un futuro per il mondo per migliaia di anni a venire, con la promessa di prosperità senza limiti alla sua fine. Questa profezia del futuro prende il nome di "Score" ed è documentata su vari "Fonstones" sparsi in tutto il mondo. Il regno di Kimlasca-Lanvaldear e l'impero di Malkuth hanno combattuto per il rinvenimento di questi fonstones per generazioni, nella speranza di venire a conoscenza del futuro prima dell'altro. Intanto, era stato istituito un ordine sacro dedicato alla lettura degli Score e al mantenimento della pace. Questo "Ordine di Lorelei" è guidato dal Fon Master e ha rami nella politica e nella religione. Alla fine, gli Score e la loro promessa di prosperità portano a una pericolosa indifferenza all'interno della popolazione generale di Auldrant; il massacro di un intero popolo che viveva sull'isola di Hod e la distruzione di massa vengono tollerati dal popolo perché previsti dalla profezia.Luke Fon Fabre, giovane figlio di Duke Fabre del regno di Kimlasca è la Luce della Fiamma Sacra, il rampollo dell'Ordine di Lorelei, destinato a portare la prosperità su Kimlasca. Da quando è stato rapito sette anni prima dall'impero Malkuth, Luke è stato tenuto confinato nella magione della famiglia Fabre. Il trauma del rapimento ha cancellato tutte le sue memorie precedenti. Tuttavia, un giorno, una misteriosa ragazza irrompe nella magione e dà il via a una serie di eventi che por