La trama segue le vicende del protagonista della serie Chirico Cuvie, un pilota di AT (Armored Trooper) e membro del Red Shoulder Battalion, una forza d'élite di cavalleria robotica utilizzata dalla Confederazione Gilgamesh in guerra contro l'Unione Balarant, entrambe nazioni interstellari nella galassia di Astragius. La terza guerra tra queste due fazioni è durata per più di un secolo, e la causa del conflitto è stata dimenticata da tempo immemorabile. Chirico Cuvie viene trasferito in una unità a cui è stata assegnata una missione sospetta, ignaro del fatto che stia rubando segreti da ciò che sembra essere la sua stessa fazione. Chirico viene tradito ma nonostante tutto egli riesce a sopravvivere, venendo incarcerato da Gilgamesh come un traditore. Chirico allora riesce a fuggire, innescando così il suo inseguimento che proseguirà per tutta la durata della serie, ove Chirico proverà a trovare la verità celata dietro la sua operazione; arriva dunque a scoprire la verità circa uno degli oggetti che egli doveva recuperare in quella operazione: una donna splendida e misteriosa che costituirà l'unico suo indizio per smantellare una cospirazione galattica.