O enredo gira em torno de Jaden Yuki, um duelista que acabara de entrar para a Academia de Duelos, um colégio interno duelitista fundado por Seto Kaiba. Jaden, que recebeu notas baixas no seu teste de admissão, mas que ganha o duelo de admissão contra Crowler é colocado no dormitório Slifer Vermelho, que é reservado para alunos com notas mais baixas. Ao longo da história Jaden se vê envolve na solução de segredos escondidos da academia, faz vários amigos e rivais e assume muitos desafios em sua busca para se tornar o próximo Rei dos Jogos.