Ghost Hunt segue as aventuras de Shibuya Kazuya, o presidente do Shibuya Psychic Research Center (SPR), e Taniyama Mai, uma estudante do primeiro ano do ensino médio. Quando Mai e suas amigas tentavam atrair espíritos com uma simples brincadeira de contar histórias de terror. Neste momento, Mai e suas amigas conhecem Shibuya, o dono do SPR, que está escondido para investigar atividades paranormais ao redor da escola quando Mai acidentalmente causa um acidente que machuca a perna do assistente de Shibuya além de quebrar uma câmera do material deles, e para pagar a sua divida e substituir do assistente de Shibuya, Mai acaba sendo quase que forçada a pegar um trabalho de meio expediente para ajudar a investigar os casos de atividades paranormais em sua escola.No decorrer da história os casos vão ficando mais complicados e sinistros...