Mais de 160 anos se passaram desde que a estação orbital (Skyport) caiu na Terra e dizimou toda a humanidade. A colônia da Lua, Eden, sobreviveu e se expandiu. No ano de 2267, aos quinze anos, Takeru aproveita plenamente a liberdade - o interlúdio curto entre o fim do ensino obrigatório e o rito de se tornar um cidadão. Ele sai com seus amigos e e participa de corridas com seu veículo personalizado. Com raiva após perder uma corrida, ele vai caminhar fora da cúpula e tropeça em alguns itens estranhos espalhados em uma cratera na superfície da Lua. Fascinado por uma foto de uma menina de pé sob um céu azul, Takeru começa a fazer perguntas que a Fundação dominante do Eden não quer responder. Por razões desconhecidas, a Fundação perpetuou o mito de que toda a vida na Terra foi aniquilada e está disposta a tomar medidas extremas para manter este segredo.