Conhecido apenas pelo número romano que lhe foi atribuído, XIII (Stuart Townsend) é um agente secreto multifacetado e letal que escapa de um campo de detenção na Roménia depois de ser submetido a uma cirurgia que lhe alterou a face e com uma nova identidade que lhe foi entregue por um sujeito misterioso. Antes, XIII era um agente independente ao serviço da CIA, mas a sua memória foi completamente apagada. Por força das circunstâncias, ele é, por natureza, um homem solitário com sérias dificuldades em criar laços, ou confiar em alguém. Perseguido por uma organização antigovernamental clandestina, rapidamente percebe que quanto mais perto chega dos seus objectivos e de revelar os esquemas que investiga, mais complexa e mortal se torna a sua missão.