A história gira em torno de Oriki Hotaro, um garoto do ensino médio que sempre age de forma passiva. Um dia, ele entra na “Koten Bu" (Clube de Literatura Clássica), recomendado pela sua irmã mais velha. Lá ele encontra Eru Chitanda, Satoshi Fukube e Mayaka Ibara. Chitanda é uma garota linda e calma, mas que se transforma em uma encarnação de curiosidade, uma vez que ela diz “Watashi, Kininarimasu". (Eu, estou interessada). Fukube é um menino sorridente que se destaca pela sua memória, mas que nunca constrói sua própria dedução. Ibara é uma menina rigorosa com os outros e com ela mesma. Ela ama Fukube, mas ele sempre se esquiva quando ela se aproxima. Eles começam a investigar um caso ocorrido há 33 anos. Dicas deste mistério é enterrado em uma obra antiga coletada pelos ex-membros do Koten Bu. A coleção é intitulada Hyouka.