Kisaragi Shintaro, um recluso que não sai de sua casa por dois anos, estava vivendo sua vida normalmente até que encontrou uma garota virtual chamada Ene, que apareceu na tela do seu computador quando alguém anonimo o enviou um misterioso e-mail. Certo dia, Ene causa problemas no computador de Shintaro o que o faz sair de casa pela primeira vez em dois anos.