A história é centralizada nas habilidades especiais que ocorrem entre uma pequena porcentagem de meninos e meninas na puberdade. Yuu Otosaka utiliza seu poder sem outros saberem e vive tranquilamente sua vida escolar. Diante dele aparece uma menina, Nao Tomori. Devido ao seu encontro com ela, o destino dos usuários de poderes especiais será exposto.