Lovely Complex é uma história que se passa entre um garoto e uma garota. A garota, Risa Koizumi, tem 1,72 de altura – sendo um "pouco" alta para a idade; e o garoto, Atsushi Otani, que tem 1,56 de altura – um "pouco" baixo para a sua idade. Por causa disso, e também por serem "engraçados" juntos, eles são conhecidos na escola como "All Hanshin Kyojin" (comediantes japoneses, que é um alto e outro baixo). No primeiro episódio, Risa e Otani fazem uma aposta, para fez quem arranja um namorado mais rapidamente. Caso Otani ganhe, Risa terá que comprar novos tênis de basquete para ele, e caso Risa ganhe, Otani terá que dar qualquer jogo que ela quiser. Feita a aposta, ambos acabam se metendo em muitas confusões, acabando assim, se apaixonando um pelo outro, formando um anime comédia romântica, composto por 24 episódios.