Muitos anos no futuro, após as façanhas de Yugi Mutou, Domino City tornou-se uma sombra do que foi um dia, Neo Domino City. Existe uma forte divisão entre os ricos e os pobres, e superar essa lacuna é uma tarefa difícil. Neo Domino diverte-se com um novo evento selvagem chamado "Riding Duels", a mais nova forma de jogar o sempre popular jogo de cartas Duel Monsters. Yusei Fudou é um jovem que vive à margem da lei, fazendo suas próprias regras. Seu desejo de recuperar o que lhe é de direito de um velho amigo, se transforma em algo muito maior do que ele e muitos de seus novos companheiros chamados de "Signers" esperavam lidar.