Teito Klein é um ex-escravo enviado para a academia militar devido a sua capacidade de utilizar Zaiphon, um tipo de poder sobrenatural. A habilidade é rara, portanto altamente valorizada. Teito tem amnésia e não se lembra de nada sobre suas origens, mas o que ele lembra sobre seu passado vem em sonhos estranhos e repetitivos. Depois de um ano na academia, Teito faz o exame de graduação, que é extremamente difícil, com as chances de 1 em 25 de passar, Teito e seu melhor (e único) amigo, Mikage, passam facilmente. Naquela noite, no dormitório compartilhado, eles fazem a promessa de ajudar um ao outro a qualquer custo no campo de batalha. No dia seguinte, Teito está entregando papeis a um professor, quando ele ouve seu nome, ele pára para ouvir a conversa e percebe que um homem chamado Ayanami, é o homem que matou o seu pai em seus sonhos. Teito é pego ouvindo e tenta atacar o assassino de seu pai, mas é rapidamente imobilizado por um subordinado de Ayanami e mandado para prisão. Assim que fica sabendo do ocorrido, Mikage aparece para ajudar Teito a escapar, e descobre que Teito já tinha derrotado os guardas por si mesmo. Os dois fogem pelo prédio, mas são encurralados em uma varanda. Teito faz de Mikage refém para não fazer de seu melhor amigo um criminoso também e tenta escapar sozinho em um veiculo voador. Ayanami aparece e envia um ataque de Zaiphon contra Teito, que se desvia parcialmente. Teito é salvo por Bispos do 7°Distrito, e por causa da lei de “Santuário”, Teito poderá permanecer na igreja sem temer o Império ou Ayanami. Amigos se tornam inimigos e adversários de tornam aliados, conforme Teito começa a lembrar de seu passado, começa a entender qual é seu destino.