Dark Blue gira em torno de uma equipe especial da polícia que trabalha secretamente infiltrada no mundo do crime em Los Angeles. Eles sabem melhor do que ninguém, que para derrubar um submundo do crime é preciso entrar no nível dos criminosos. O detetive Carter Shaw comanda essa unidade secreta de detetives, que agem disfarçados e fora dos padrões de jurisdição da polícia. Quando um de seus homens, Dean, infiltrado numa gangue local, é filmado se livrando do corpo de um agente do FBI, é cogitada a possibilidade desse policial estar mesmo mudando de lado.